SSHサーバーの設定

画面左上のアイコン mainmenuicon から Network ‣ SSH server を開きます。

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サーバーの追加

サーバーを追加するには、SSH Configuration の右側の add ボタンをクリックし、分かりやすい名前を付けて OK をクリックします。リストに名前が表示されますので、以降このサーバーの設定をしていきます。設定内容は自動的に保存されます。

ヒント

リストにはあらかじめ FOCUSスパコン 用の設定例「FOCUS」が入っています。FOCUSスパコンへのジョブ投入を行う場合は、リストで「FOCUS」を選択し、設定していただくと簡単です。

「FOCUS」設定を削除した後、再度追加したい場合は、画面左上のアイコン mainmenuicon から Network ‣ SSH server ‣ Add FOCUS をクリックしてください。

Serverタブの設定

Server タブで、サーバーへの接続に関する設定を行います。

  • Host Name

  • Port

    サーバーのホスト名（またはIPアドレス）、ポート番号を入力します。

  • Job Manager

    サーバーで使われているジョブ管理システムを選択します。PBS、SLURM、PJMに対応しています。Rawを選択すると、ジョブ管理システムを使わずに直接計算を実行します。

    警告

    通常、ジョブ管理システムを導入しているサーバーでは、計算の直接実行は想定されていません。サーバーの管理者に確認した上で設定してください。

  • Work Directory

    計算で使用するファイルの転送先（サーバー上のディレクトリパス）を入力します。書き込み権限のある場所を指定してください。通常、ユーザーのホームディレクトリを指定すれば問題ありません。

  • HTTP Proxy

    サーバーへの接続にプロキシを使用します(SSH over HTTP)。 Network ‣ Proxy server で設定したプロキシが使われます。インターネットへの接続にプロキシが必要な環境で、外部のクラウド仮想マシン等に計算ジョブを投入する際にお使いいただけます。

  • Account

    サーバーにSSH接続する際のアカウント情報を入力します。

    • パスワード認証の場合

      User Name にユーザー名、 Password にパスワードを入力してください。 Private Key は使用しません。

    • 公開鍵認証の場合

      User Name にユーザー名を入力し、 Private Key をクリックして秘密鍵ファイルを選択してください（ clear でクリア）。パスフレーズが設定されている場合は Password に入力してください。

      ヒント

      PuTTY形式の秘密鍵ファイル（拡張子 .ppk ）はそのままではお使いいただけません。PEM形式またはOpenSSH形式に変換してお使いください。

設定内容に問題がなければ、タブが白色になります。問題がある場合はその項目が赤色で表示されますので、確認してください。

Jobタブの設定

次に、 Job タブでサーバーへのジョブ投入に関する設定を行います。

  • Job Queue

    キューの名前のリストです。 add ボタンで追加、 remove ボタンで削除します。 ジョブ管理システムを使わずに実行する場合でも、適当な名前のキューを作成してください。

  • Job Posting Command

  • Job Script

    キューごとに、ジョブ投入用のコマンドとジョブスクリプトを設定します。ジョブ管理システムに応じたデフォルトの内容がキュー追加時に設定されます。必要に応じて編集してください。NeuralMD連携機能を使う場合、ライセンス設定 <grand-neumd>のコマンドが必要な場合があります。

    注釈

    実際に実行されるスクリプトの内容は、ジョブ投入時に表示されるウィンドウでご確認ください。

また、サーバーにGPUが搭載されている場合、ニューラルネットワーク力場関連の計算をGPUを使ってより高速に実行することができます。対応しているのは、Advance/NeuralMDを使ったニューラルネットワーク力場の学習（Advance/NeuralMD Pro版のライセンスが必要）、およびLAMMPSを使ったニューラルネットワーク力場による分子動力学計算です。設定画面右側の GPU タブを開き、 GPU for Advance/NeuralMD を有効にするとGPUを使うようになります。

複数のGPUが搭載されている場合、デフォルトではデバイスID0のGPUのみを使いますが、MPI並列と併用して各プロセスごとに使用するGPUを指定すると、より効率的にGPUを使うことができます。 add ボタンで行を追加し、左側のMPIプロセスIDに対応するGPUデバイスIDを右側に入力してください。行を削除するには、右クリックメニューの Delete をクリックします。 Job Posting タブ内で設定したMPI並列数（プロセス数）と行数が一致するように注意してください。

なお、各GPUに割り当てられたデバイスIDは、サーバー上で nvidia-smi -L を実行して確認できます。

注釈

GPUドライバを事前にインストールしておく必要があります。CUDA 11.4.4を使用しており、これに対応するドライババージョン470.82.01以上が必要です。

例えば、グラフィックカードが2つ搭載されているマシンで、MPI4並列で実行し、2プロセスをデバイスID0のGPU、2プロセスをデバイスID1のGPUに割り当てる場合は次のように設定します。

../_images/mpi2gpu.png

Speedタブの設定

Speed タブでは、サーバーからの情報取得・ファイルダウンロードの間隔、同時接続数を設定できます。

サーバーへのアクセス頻度が問題になる場合には、スライダーを Slow 側に動かすことで頻度を下げることができます。

Connection Style で、低速ネットワーク用の設定ができます。

  • Online Mode

    常時オフラインモードに設定すると、リアルタイムでの結果取得（ファイルのダウンロード）を行いません。

  • Download Mode

    容量の大きいバイナリファイルなどを除外し、テキストファイルのみダウンロードするよう設定できます。

  • Download Time

    常時オフラインモードの際に、ファイルを一括ダウンロードする間隔（分単位）を設定します。

ヒント

SLHMC（力場自動生成）のデータ（slhmc_datフォルダ内の各計算エンジンの出力）のダウンロード有無は、 メインメニュー ‣ Properties ‣ Advance/NeuralMD から設定できます。デフォルトではダウンロードを行いません。

接続テスト

設定が完了したら、 Test タブでサーバーへの接続テストを行い、設定に問題がないか確認することができます。

Start to Test Connection をクリックすると、自動的にテストを行います。 TEST OF CONNECTION IS SUCCEEDED と表示されればテストは成功です。接続に失敗した場合は ERROR HAS OCCURRED IN TESTING CONNECTION と表示されますので、設定内容を再確認してください。

設定の編集・削除・コピー

各タブで設定した内容は、サーバーごとに保存されます。リストから既に保存されているサーバーを選択すると、その設定内容を編集できます。

設定名の右の edit をクリックすると、設定の並び替え・削除・位置を指定した追加ができるウィンドウが開きます。

既存の設定内容をコピーして新たな設定を追加するには、 add ボタンを押した後、ダイアログの Copy from でコピー元の設定を選んでください。