原子構造ビューワー

プロジェクト画面内では、原子構造情報ファイルが3Dモデルとして表示されます。原子構造の簡単な編集もこの画面内で行うことができます。より高度な編集機能はモデラ―画面でご使用いただけます。

視点の操作

操作	マウス	キーボード
回転	ドラッグ	矢印キー （Ctrl + 矢印キーで微調整）
ズーム	ホイールスクロール Alt + 上下ドラッグ	Alt + 上下矢印キー （Ctrl + Alt + 上下矢印キーで微調整）
移動	ホイールドラッグ Shift + ドラッグ	Shift + 矢印キー （Ctrl + Shift + 矢印キーで微調整）
リセット		0 1 Backspace

^* macOSでは Ctrl → command 、 Alt → option と読み替えてください。

右クリックメニューの Operations for Atoms をクリックすると、視点を微調整するためのウィンドウが表示されます。

表示デザインの変更

画面左下のメニュー から Designer をクリックして、デザイン変更画面を開いてください。画面右側のパネルで、3Dモデルの表示方法を詳細に設定できます。設定が終わりましたら、左下の戻るボタン をクリックして元の画面に戻ります。

原子構造の簡単な編集

原子の変更

1. 変更したい原子を右クリックし、メニューから Rename selected atoms をクリックします。

2. 周期律表が表示されますので、元素を選択してください。

3. 原子が選択した元素に変更されます。

原子の削除

1. 削除したい原子を右クリックし、メニューから Delete selected atoms をクリックします。

2. 確認が表示されますので、 OK をクリックすると、原子が削除されます。

原子の移動

1. 移動したい原子を右クリックし、メニューから Move selected atoms をクリックします。

2. 緑色の平面と、黒色の法線が表示されます。まずはドラッグで平面を回転させます。キーボードによる操作もできます。

   操作
   回転	矢印キー （Ctrl + 矢印キーで微調整）
   リセット	0 1

   ^* macOSでは Ctrl → command と読み替えてください。

3. 続けて選択した原子をドラッグすると、平面に沿って移動させることができます。原子を複数選択している場合は、右クリックした原子（平面の中央）をドラッグしてください。

4. ドロップ（マウスのボタンを離す）すると、位置が確定します。

原子の追加

1. 原子を追加したい位置を右クリックし、メニューから Put an atom をクリックします。

2. 周期律表が表示されますので、元素を選択すると、原子が追加されます。

原子の切り取り・コピー・貼り付け

1. 切り取りまたはコピーしたい原子を右クリックし、メニューから Cut selected atoms または Copy selected atoms をクリックします。

2. 貼り付けたい位置を右クリックし、 Paste copied atoms をクリックします。元とは別のプロジェクトに貼り付けることもできます。

複数原子の選択・選択解除

複数の原子を選択して、変更・削除・移動操作を行えます。選択中の原子はワイヤーフレーム表示になります。

操作
矩形選択	Ctrl + ドラッグ
個々の原子を選択・選択解除	ダブルクリック
全選択	右クリックメニュー ‣ Select all atoms
全選択解除	右クリックメニュー ‣ Not select any atoms

^* macOSでは Ctrl → command と読み替えてください。

原子の回転移動

1. 回転移動したい原子を選択します。

2. 回転の中心となる原子を右クリックし、メニューから Rotate selected atoms をクリックします。回転の中心は1.で選択した中の原子でも、他の原子でも構いません。

3. 球が表示されますので、ドラッグして回転移動を行います。キーボードによる操作もできます。

   操作
   回転	矢印キー （Ctrl + 矢印キーで微調整）
   リセット	0 1

   ^* macOSでは Ctrl → command と読み替えてください。

4. Esc キーを押すと、位置が確定します。

ショートカットキー一覧

操作
全選択	Ctrl + A
全選択解除	Esc Backspace
削除	Ctrl + D Delete
変更	Ctrl + R F2
切り取り	Ctrl + X
コピー	Ctrl + C
貼り付け*	Ctrl + V
アンドゥ（直前の操作の取り消し）	Ctrl + Z
リドゥ（取り消した操作のやり直し）	Ctrl + Shift + Z

^* マウスカーソルのある位置に貼り付けられます。

^** macOSでは Ctrl → command と読み替えてください。

空間群の判定

右クリックメニューの Detect space group をクリックすると、モデルの原子構造の属する空間群を表示します。

幾何学的情報の表示

選択した原子の結合長・結合角・二面角を測定する機能です。右クリックメニューの Geometric Information をクリックすると、小さいウィンドウが表示されます。

原子をダブルクリックで選択していくと、 Selected Atoms のa、b、c、dに順に設定されます。同時に、対応する結合長（a-b間、b-c間、c-d間）、結合角（∠abc、∠bcd）、二面角（a・b・cを含む平面とb・c・dを含む平面がなす角）が下に表示されます。

原子構造のエクスポート

右クリックメニューの Export atomic configuration をクリックすると、モデルの原子構造をCIFファイル・XYZファイル・POSCARファイル（VASP形式）としてエクスポートできます。