Jupyter Interface for NanoLabo¶
JupyterLabは、ブラウザベースのPython実行環境です。Jupyter Interface for NanoLaboを使うことで、Atomic Simulation Environment(ASE)とNanoLaboの間で原子構造を相互にやり取りし、JupyterLab上で原子構造を扱うことができます。
注釈
本機能を利用するには、NanoLabo本体とは別にオプションのライセンスが必要です。
設定¶
画面左上のアイコン 
から を開き、設定を行います。
URL
- Token
JupyterLabに接続するためのURL（例：
http://localhost:8888/lab）とtokenを設定します。
Uploading Path
NanoLaboからJupyterLabに原子構造をアップロードする際の設定です。JupyterLabのルートディレクトリに対する相対パスを指定してください。
Uploading File Type
原子座標の固定／可動の情報を含めてアップロードしたい場合は
.POSCAR形式を指定してください。Using NGLView
ファイルをインポートする際のコードに、NGLViewを使って原子構造を可視化するコードを追加します。
設定が終わったら、画面右上のPythonアイコン 
をクリックして、JupyterLabの画面が表示されることを確認してください。
NanoLabo → JupyterLab¶
プロジェクトの原子構造をJupyterLabにインポートするには、左下のメニュー 
から Jupyter Lab をクリックします。
原子構造ファイルがJupyterLabにアップロードされるとともに、JupyterLabのタブが開いて、原子構造をインポートするためのPythonコードが表示されます。表示されたコードをコピーし、JupyterLab上で実行することで、ASEのAtomsオブジェクトが作成されます。
ヒント
NGLViewは pip コマンドでインストールできます。
$ pip install nglview
NGLViewによる可視化を実行しようとした時に
AttributeError: 'super' object has no attribute '_ipython_display_'
というエラーが表示される場合、 ipywidgets のバージョンを指定することで改善する場合があります。
$ pip install 'ipywidgets>=7.6.0,<8'
プロジェクトメニューから以外にも、原子構造ビューワーやプロジェクトアイコンの右クリックメニューからJupyterLabにインポートすることができます。
ヒント
例えば、分子描画機能を使って分子を作成した後、原子構造ビューワーの右クリックメニューからすぐにJupyterLabにアップロードすることができます。
JupyterLab → NanoLabo¶
JupyterLab上で原子構造をファイルに出力します。ファイル形式はNanoLaboが対応しているものにしてください。 .POSCAR 形式で保存する例を示します。
from ase.io import write
write('export.POSCAR', myAtoms)
ファイルブラウザ上でファイルの右クリックメニューから Download をクリックすると、ファイルがNanoLaboにダウンロードされ、プレビューのダイアログが表示されます。 Open をクリックするとプロジェクトとして開きます。
