プロジェクト¶
1つの構造情報ファイルに対し、計算の入力ファイル・出力ファイルをまとめて「プロジェクト」として管理します。
エクスプローラーから構造情報ファイルを開くと、新しいプロジェクトのタブが開きます。
計算エンジンの選択¶
左下のメニュー から Change calculator をクリックします。使用できる計算エンジンが表示されますので、解析に使用したいものをクリックして選択してください。
さらに、選択した計算エンジンの機能に応じ、どの入力ファイルを作成するか、右下のメニュー からエディターのモードを選びます。
計算エンジン | エディターのモード | |
---|---|---|
Advance/PHASE | (PHASE-Viewerが起動し、プロジェクトが開きます。) | |
Quantum ESPRESSO | Geometry | 原子構造・結晶構造の設定 |
SCF | 自己無撞着場計算 | |
Optimize | 第一原理構造最適化 | |
MD | 第一原理分子動力学法 | |
DOS | 状態密度計算 | |
Band | バンド計算 | |
TD-DFT | 時間依存密度汎関数法 | |
XAFS | X線吸収微細構造計算 | |
Phonon | フォノン計算 | |
Ph. Dispersion | フォノン状態密度・バンド計算 | |
NEB | Nudged Elastic Band法 | |
LAMMPS | Geometry | 原子構造・結晶構造の設定 |
Force-Field | 力場の設定 | |
Scheme | 計算過程の設定 | |
Metropolis w/ NNP | メトロポリス法による構造生成(Advance/NeuralMD連携機能) | |
SLHMC | 自己学習ハイブリッドモンテカルロ法による力場作成(Advance/NeuralMD連携機能) |
使用する計算エンジンとエディターのモードを選ぶと、それに応じた設定項目が画面右側のエディターパネルに表示されます。
プロジェクトの保存¶
新しいプロジェクトを開いた場合、そのままではまだ保存されていません。左下のメニュー から Save をクリックし、保存場所とプロジェクト名を設定して保存してください。タブにプロジェクト名が表示されます。
保存していないプロジェクトで計算を実行しようとしたり、エディターで変更を加えたまま保存せずにタブを閉じようとしたりすると、保存するよう促されます。
注釈
Windowsで、Quantum ESPRESSOの計算をローカルで行う場合、プロジェクトの保存先はCドライブ内にする必要があります(Quantum ESPRESSOの仕様による)。
この制限は、ジャンクションを使うことで回避できます。下記の例のようにコマンドを実行して設定することで、NanoLabo上でextフォルダに保存したデータが、実体としてはnanolaboDataフォルダに保存されます。
また、Linuxでもシンボリックリンクを使うことで、.nanolabo
の外にあるフォルダを.nanolabo
内にあるように扱うことができます。
mkdir D:\nanolaboData
mklink /J C:\Users\ユーザー名\.nanolabo\ext D:\nanolaboData
mkdir /home/ユーザー名/nanolaboData
ln -s /home/ユーザー名/nanolaboData /home/ユーザー名/.nanolabo/ext
ショートカットキー一覧¶
操作 | |
---|---|
プロジェクト保存 | Ctrl + S |
戻る(左下の矢印ボタン) | Ctrl + ← |
スクリーンショット(画像保存) | PrintScreen |
* macOSでは Ctrl → command と読み替えてください。