プロジェクト

1つの構造情報ファイルに対し、計算の入力ファイル・出力ファイルをまとめて「プロジェクト」として管理します。

エクスプローラーから構造情報ファイルを開くと、新しいプロジェクトのタブが開きます。

../_images/project.svg

計算エンジンの選択

左下のメニュー projectmenuicon から Change calculator をクリックします。使用できる計算エンジンが表示されますので、解析に使用したいものをクリックして選択してください。

さらに、選択した計算エンジンの機能に応じ、どの入力ファイルを作成するか、右下のメニュー editormenuicon からエディターのモードを選びます。

計算エンジン

エディターのモード

Advance/PHASE

(PHASE-Viewerが起動し、プロジェクトが開きます。)

Quantum ESPRESSO

Geometry

原子構造・結晶構造・擬ポテンシャルの設定

SCF

自己無撞着場計算

Optimize

第一原理構造最適化

MD

第一原理分子動力学法

DOS

状態密度計算

Band

バンド計算

TD-DFT

時間依存密度汎関数法

XAFS

X線吸収微細構造計算

Phonon

フォノン計算

Ph. Dispersion

フォノン状態密度・バンド計算

NEB

Nudged Elastic Band法

LAMMPS

Geometry

原子構造・結晶構造の設定

Force-Field

力場の設定

Scheme

計算過程の設定

Option

外場・外力等の設定

User's

任意コマンド追加、任意変数出力・グラフ化の設定

ThreeBodyTB

Geometry

原子構造・結晶構造の設定

SCF

自己無撞着場計算(汎用タイトバインディング法)

Optimize

構造最適化

DOS

状態密度計算

Band

バンド計算

Metropolis w/ NNP

メトロポリス法による構造生成(Advance/NeuralMD連携機能)

SLHMC

自己学習ハイブリッドモンテカルロ法による力場作成(Advance/NeuralMD連携機能)

使用する計算エンジンとエディターのモードを選ぶと、それに応じた設定項目が画面右側のエディターパネルに表示されます。

プロジェクトの保存

新しいプロジェクトを開いた場合、そのままではまだ保存されていません。左下のメニュー projectmenuicon から Save をクリックし、保存場所とプロジェクト名を設定して保存してください。タブにプロジェクト名が表示されます。

保存していないプロジェクトで計算を実行しようとしたり、エディターで変更を加えたまま保存せずにタブを閉じようとしたりすると、保存するよう促されます。

注釈

Windowsで、Quantum ESPRESSOの計算をローカルで行う場合、プロジェクトの保存先はCドライブ内にする必要があります(Quantum ESPRESSOの仕様による)。

この制限は、ジャンクションを使うことで回避できます。下記の例のようにコマンドを実行して設定することで、NanoLabo上でextフォルダに保存したデータが、実体としてはnanolaboDataフォルダに保存されます。

また、Linuxでもシンボリックリンクを使うことで、.nanolaboの外にあるフォルダを.nanolabo内にあるように扱うことができます。

Windows
mkdir D:\nanolaboData
mklink /J C:\Users\ユーザー名\.nanolabo\ext D:\nanolaboData
Linux
mkdir /home/ユーザー名/nanolaboData
ln -s /home/ユーザー名/nanolaboData /home/ユーザー名/.nanolabo/ext

ショートカットキー一覧

操作

プロジェクト保存

Ctrl + S

戻る(左下の矢印ボタン)

Ctrl + ←

スクリーンショット(画像保存)

PrintScreen

* macOSでは Ctrlcommand と読み替えてください。